Kolonoskopi kalın bağırsağın ucunda ışık ve kamerası olan özel bir aletle kısmen ya da tamamen incelenmesi işlemidir. Bu sırada işlem öncesinde açılan bir damar yolundan hastanın rahatlamasını sağlayan bağırsak kaslarını gevşeten ve ağrıyı önleyen birtakım ilaçlar verilir.
Dünya genelinde hasta açısından daha konforlu olduğu için kısa süreli sedasyon ile işlem yapılmaktadır. Hastaya işlem esnasında anestezi uzmanı tarafından uygun dozda ilaç verilir ve işlem yapılır. Bu ilaçların etki süresi çok kısa olduğu için ilaç verilmesi kesildikten çok kısa bir süre sonra hasta uyanır. Kullanılan ilacın artık etkileri nedeniyle işlem sonrası hastanın araç kullanmak gibi dikkat gerektiren işleri yapmaması, bu yüzden yanında ona refakat edebilecek biri ile gelmesi önerilir.
Teknolojinin gelişmesi ile birlikte endoskopi yapılan yeni model cihazlarda HD görüntü sistemleri kullanılmakta olup bu sayede çok küçük ayrıntılar bile daha net görülebilmekte, ayrıca FICE,NBI ve I-scan gibi yüksek teknolojik görüntülemeler sayesinde lezyonlar çok hızlı bir şekilde normal dokudan ayırt edilebilmektedir. Teknolojik olarak yeniliklere ayak uyduran merkezlerde konusunda deneyimli uzman hekimlerin yaptığı endoskopik işlemler erken teşhislere olanak sağlayarak hayat kalitesini artırmakta ve çoğu zaman hayat kurtarmaktadır. Gastroenteroloji uzmanları bu işlemlerin daha ayrıntılı bir şekilde yapılması üzerine 3 yıl süreyle ayrıntılı bir eğitim sürecinden geçmektedir.