Kekemeliğe cinsiyet değişkeni açısından bakıldığında, kadınlara oranla erkeklerde daha sık görülmektedir. Belgin’e (1985) göre ise, bu oran beş erkek çocuğa karşı bir kız çocuk şeklindedir. Kekemeliğin erkeklerde kadınlara oranla beş kat fazla bulunduğunu belirten Schwartz ise, erkeklerin gerginlik hissettiklerinde, bu gerilimi ses telleri üzerinde odaklaştırmaya eğilimli olduklarını belirtmiştir.
Kızlarda ve erkeklerde kekemeliğe rastlanma oranı yaşla birlikte değişmektedir. Ambrose ve arkadaşları (1997), kekemeliğin iyileşme oranında cinsiyetler arasında kesin farklılıklar olduğunu, kızlarda iyileşmenin, erkeklere göre iki de bir oranında daha fazla görüldüğünü işaret etmektedir.
Cinsiyetler arasındaki bu farkı genetik ve çevresel olarak açıklayan görüşler de vardır. Bu durumu, genetik olarak açıklayanlar, erkeklerde kekemeliğe karşı doğuştan bir eğilim olduğunu savunmaktadırlar. Çevresel görüşte olanlar ise, erkeklerin kızlara oranla daha yüksek standart ve beklentiler içine alınarak baskıya maruz kaldıklarını ya da anne ve babaların erkek ve kızlara karşı farklı tutum ve tepkiler içinde olduklarını belirtmektedirler. Bir başka görüşe göre ise, cinsiyetler arasındaki bu farklılığın; kız çocukların adrenalin değişiminin erkek çocuklardan daha erken başlamasıyla, sosyal becerilerinin gelişip, konuşma isteklerinin azalmasından kaynaklandığı belirtilmektedir.
