Ağızda tükürük amilazı eylemiyle başlayan kimyasal işleme, sindirimin en önemli bölümünü oluşturmakta ve gıdaların emilimi ve beden tarafından kullanılmaları için, onları moleküler bileşenlerine ayırmayı sağlamaktadır.
Enzimler, sindirime katılan en önemli kimyasallar olarak görülse de, sindirim kanalı da besinlerin işlenmesinde görev yapan milyarlarca bakteri içerir. Bunlar, fermantasyon için, dolayısıyla bitkisel içeriğin sindirim kanalında etkin bir biçimde sindirilebilmesi açısından çok önemlidir.
Barsak mikroplarının insanların sindirim ve sağlığındaki yaşamsal rolü de giderek artan oranda kabul görmektedir ve bakteri florası, beslenme düzenine tepki olarak hızla değişebilmektedir. Beslenme rejiminin yağ ve lif içeriğindeki değişiklikler, barsak bakteri kolonilerini günler içinde etkiler ve daha yüksek lif, daha düşük yağ içeren beslenmenin, düşük lif, yüksek yağ içeren beslenmeye oranla barsak sağlığının daha iyi olmasına katkısı nedeniyle, barsakta varolan bakterilerin türü, kolon kanseri riski ile bağlantılıdır. Bakteri türü ve miktarı aynı zamanda obezite riskiyle de ilintilidir ve barsak bakterilerinin çeşitliliğinin -ve dolayısıyla bunun sağladığı çeşitli yararların- sanayileşmiş dünyada geri dönülmez biçimde kaybedilmekte olduğu bilinmektedir!
