Tedavinin iptal edilmesi: Hastaların tedaviye beklenen yanıtı vermemesi, yeterli sayıda yumurta oluşmaması durumunda olur. Genellikle bu oran 7’de 1’dir.
Yumurta bulunamaması: Nadiren overle ilgili problemler, daha sık olarak yumrta toplama işlemi öncesinde yumurtlama olması veya ultrason ve E2 takipleri normal olmasına karşın follikülden yumurta çıkmaması (Empty follikül sendromu) sonucu oluşur. EFS tüm siklusların %2-7’sinde görülür ve özellikle kadın yaşını ileri olması halinde tekrarlama olasılığı %20’ye kadar çıkar.
Transfer zorluğu: Kadının anatomik problemleri nedeniyle embriyo transferi çok zor olabilir. Bu gibi durumlarda gebelik şansı düşmektedir.
Sperm bulunamaması: TESE uygulanan hastaların yaklaşık %40'ında sperm bulunamaz ve tedavi iptal edilmek zorunda kalınır.
Döllenmenin olmaması: Yumurta toplama işlemi uygulanan kadınların %5’inde görülür. Çoğunlukla düşük sperm sayısına ya da yumurta ile ilgili problemlere bağlı olsa da her zaman nedenini ortaya koymak mümkün olmayabilir. Gebelik testi öncesi kanama: Test gününden önce kanaması olanlarda gebelik şansı düşmekle birlikte gebelik olmadığı anlamına gelmez.
Dış gebelik olasılığı: Tüp bebek uygulamalarından sonra dış gebelik ihtimali %1-3 arasındadır. Tüplerle ilgili ameliyat veya hasarlanma öyküsü olan kadınlarda görülme ihtimali artar. Çoğunlukla kahve rengi, lekelenme şeklinde vajinal kanama ve kasık ağrısı vardır ve seri kanda gebelik testi (beta HCG) takibinin yanında vajinal ultrason ile tanınabilir.
Ovarian Hiperstimülasyon sendromu (OHSS): Bazı kadınlarda yumurta üretimini artırmak için kullanılan ilaçlara karşı overlerin aşırı cevap vermesi nedeni ile oluşan bir durumdur. Kesin nedeni bilinmemektedir. Hastalarda uyarılmayı izleyen iki hafta içerisinde bazı yan etkiler meydana gelebilir. Bu durum karın boşluğu ile diğer vücut boşluklarında sıvı toplanması şeklinde ortaya çıkar. Belirtiler şişkinlik, alt karın ağrısı, bulantı, kusma, ishal, ağır vakalarda nefes darlığı ve kan pıhtılaşmasında artış şeklindedir. Tüp bebek uygulanan hastaların çoğunda hafif belirtiler görülebilmekle birlikte hastaların %5’inde durum giderek daha şiddetlenir ve bu hastaların hastanede yatarak tedavisi gereklidir. OHSS açısından riskli olan kişilerde tedavi iptal edilebilir veya yumurtalar toplandıktan sonra embriyo transferi ertelenebilir ve yumurtalar dondurulabilir ya da ilaç dozu düşürülebilir.
