Migrenin nedeninin bilinmediği klasik tıp çevresi ve nörologlar tarafından belirtilmektedir. Migrenin beyindeki bir bozukluktan kaynaklanmadığı da çok açıktır. Hastanın nörolojik muayenesinin ve MR, BT gibi incelemelerinin normal olması da bu durumu desteklemektedir. Hiçbir şey nedensiz gelişmeyeceği gibi migrenin nedeni de kendisinde gizlidir. Migren atağı sırasında gelişen bulgulara dikkat edilirse migrenin sadece baş ağrısından ibaret olmadığı anlaşılır. Migren atağı sırasında olup biten her şey otonom sinir sistemi disfonksiyonuna (çalışmasının aksamasına) bağlıdır. Bu aksama fonksiyonel olduğu için film ve tahlille tespit edilemez.
Otonom sinir sistemindeki bozukluklar migren atağı sırasında oluşan değişimlere kaynaklık eder. Otonom sinir sistemindeki bozukluklar ise yaşam boyunca geçirdiğimiz enfeksiyon ve iltihaplar, düşme ve kaza benzeri darbeler, ameliyatlar, diş tedavileri sonucu gelişir. Bu bozukluklar her erişkinde vardır. Bu bozuklukların zemininde migren gelişebilmesi için sinir sistemi hassasiyetinin genetik olarak alınması gereklidir.
Sonuç olarak migren; genetik sinir sistemi hassasiyeti olan kişilerde, otonom sinir sistemindeki bozuklukları zaman zaman sistemi altüst etmesiyle oluşur.
