Eğitim süreci boyunca uluslararası düzeyde de çalışmalar yürütmüş olan Prof. Dr. Günaydın, 1994 yılında Alman Devlet Bursu (DAAD) ile Düsseldorf Heinrich Heine Üniversitesi Kalp Nakli Bölümü’nde eğitim görmüştür. 1995 yılında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı’nda doktora çalışmalarına başlamış; ardından Japonya Milli Eğitim Bakanlığı Bursu (MONBUSHO) ile Tokyo Kalp Merkezi’nde Pediatrik Kalp Cerrahisi üst ihtisası yapmıştır. Aynı dönemde biyomateryal bilimleri doktorasını da tamamlayarak 1999 yılında Türkiye’ye dönmüştür.
1999–2005 yılları arasında Ankara Özel Bayındır Hastanesinde Kalp-Damar Cerrahisi Uzmanı olarak görev yapan Prof. Dr. Günaydın, 2004 yılında Doçent, 2009 yılında ise Profesör unvanlarını almıştır.
2005 yılında Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Kalp-Damar Cerrahisi Anabilim Dalı’nın kuruluşunda aktif rol üstlenmiş ve 2005–2012 yılları arasında birçok idari görevde bulunmuştur. Bu görevler arasında Anabilim Dalı Başkanlığı, Cerrahi Tıp Bilimleri Başkanlığı, Dekan Yardımcılığı, Fakülte Kurulu Üyeliği, Senato Üyeliği, Etik Kurul Başkanlığı ve Rektör Danışmanlığı yer almaktadır.
2012 yılında Esas Holding bünyesindeki Özel Medline Hastaneler Grubu’na katılarak Tıbbi Hizmetler Direktörü olarak görev yapmıştır. Ardından 2014–2015 yılları arasında Özel Ada Hastaneler Grubu’nda aynı görevi sürdürmüştür.
2015 yılı sonunda Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Kalp-Damar Cerrahisi Kliniği’ne Eğitim Görevlisi olarak atanmış; 2016–2019 yılları arasında ise Kliniğin Eğitim ve İdari Sorumlusu olarak çalışmıştır. 2019 yılı itibarıyla Ankara Bilkent Şehir Hastanesi’nde Eğitim Görevlisi olarak görevini sürdürmektedir.
Prof. Dr. Günaydın, akademik yaşamı boyunca Strathclyde Üniversitesi (Biyomühendislik Bölümü), Atina Akademisi Biyomedikal Araştırma Enstitüsü ve Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü gibi saygın kurumlarda misafir öğretim üyesi olarak görev almıştır. Ayrıca Dünya Minimal İnvazif Ekstrakorporeal Dolaşım Derneği Yönetim Kurulu Üyeliği ve Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ölçme-Değerlendirme Kurulu Üyeliği görevlerini sürdürmektedir.
Bugüne kadar uluslararası dergilerde 94, ulusal dergilerde 52 bilimsel makalesi yayımlanmış; çalışmaları 1500’ün üzerinde atıf almıştır. H-indeksi 17 olan Prof. Dr. Günaydın, 4 kitap yazmış, 115’in üzerinde uluslararası davetli konuşma gerçekleştirmiştir. Halen uluslararası 2 ve ulusal 3 bilimsel derginin baş editörlüğünü yürütmekte, ayrıca AB çerçevesinde 2, TÜBİTAK destekli 4 bilimsel projede yürütücü olarak görev yapmaktadır.
Akademik başarılarıyla birlikte birçok ödüle de layık görülmüştür. Bunlar arasında:
- Avrupa Kalp-Damar Cerrahisi Genç Cerrah Başarı Ödülü (2008)
- 10. Kaliforniya Üniversitesi Utley Araştırma Ödülü (2009)
- Hürriyet Gazetesi Bilimsel Liderlik Ödülü (1996) yer almaktadır.
İleri düzeyde İngilizce (TOEFL, TOEIC), Almanca (Goethe Enstitüsü Sertifikası) ve Japonca (Tokyo Dil Okulu Sertifikası) bilmektedir.
Prof. Dr. Serdar Günaydın, Ankara Bilkent Şehir Hastanesi'nde hastalarını kabul etmektedir.
Klinik ilgi alanları arasında minimal invazif kalp cerrahisi, koroner bypass cerrahisi, kalp kapağı tamiri ve değişimi, periferik damar hastalıklarının cerrahi ve girişimsel tedavisi, varis ve lenf cerrahisi, yara tedavisi, kök hücre ve hücresel tedavi uygulamaları, AV fistül cerrahisi yer almaktadır.