Genital organın yapı bozukluklarından kaynaklanan cinsel ilişkiye girememe veya cinsel ilişkinin ağrılı olması durumu olabilir. Bunlar gerçek vajinismus değil ve muayenede kolayca ayırt edilirler.

Kızlık zarının özel yapısı, vajina içindeki septum dediğimiz normalde olmayan ara perdelerin olması, vajenin ve dış cinsel organların tam gelişmemiş olması, vajen girişinde apse veya kistlerin olması normal cinsel birleşmeye engel olabilir.

Vajinal enfeksiyonlar da vajinal kuruluğa ve ağrılı ilişkiye sebep olabilir.

Vulvodini ve vestibüler sendrom denen dış cinsel organın ve vajen girişinin ağrı sendromları da cinsel organda sızı ve ağrı, dokunma ile ve ilişkide ağrı olarak ortaya çıkar ve sıklıkla vajinismus ile karışabilir.

Rahim ve yumurtalık hastalıkları, miyomlar, kistler ve karın alt kısmında olan diğer organların problemleri de ( barsak veya idrar yolları rahatsızlıkları gibi) ilişkide ağrıya neden olabilir.

Vajinismusta ilişkiye engel olan hiçbir yapısal bozukluk veya hastalık durumu yoktur.