Eklem ve kıkırdak hasarı olan bir çok hastaya kök hücre uygulanabilir. Ancak bazı özel durumlarda kök hücre uygulamasından kaçınmakta fayda vardır.

Bu özel durumlar:

1. Vasküliti olan hastalar, özellikle son 3 ay içerisinde yeni atak geçirdiyse

2. Akut tromboz geçiren hastalar (en az 3-6 ay beklemek gerekir)

3. Akut hemoftalmi(göz kanaması) (en az 3 ay beklemek gerekir)

4. Vaskülit, tromboz yada pnömoniye bağlı pulmoner hipertansiyon, akut pulmoner yetmezlik

5. Miyelokarsinoz, miyelofibröz

6. Çoklu organ yetmezliği yada son dönem kronik hastalar(organ yetmezliği olan)

7. Kronik enfeksiyonlu hastalar (kök hücre uygulaması enfeksiyonda artışa sebep olabilir)

8. Kronik viral enfeskiyonlar.

9. Psikiyatrik hastalıklar Bununla birlikte aşırı alkol ve sigara tüketimi kök hücre etkinliğini azaltacağı ve yeni hücreler için ölümcül olacağı için işlem öncesi ve sonrası en az 2 hafta boyunca hastalardan alkol ve sigara tüketmeleri önemle ve ısrarla istenir.