Epilepsi ve üreme sistemi karmaşık etkileşimlere sahiptir. Doğurganlık epilepsisi olan erkek ve kadınlarda genel nüfusa oranla daha düşüktür. Dahası, üreme sistemi endokrin bozuklukları epilepsi hastaları arasında genel popülasyona göre daha yaygındır. Bu bozukluklar hem epilepsi hem de epilepsi ilaçlarına atfedilmiştir. Karaciğer enzimini etkileyen fenobarbital, fenitoin ve karbamazepin gibi epilepsi ilaçlarının kullanımı epilepsili kadınlarda ve erkeklerde serum seks hormonu testosteron ve östradiolün biyoaktivitesinin azalmasına yol açarak bazı kadınlarda menstrüel düzensizliklere, azalmış cinsellik ve dolayısıyla doğurganlığın azalmasına neden olabilir. Valproat ilacı serum androjen konsantrasyonları üzerinde etkili olabilir ve epilepsili erkeklerde serum folikül uyarıcı hormon düzeylerini düşürür ancak bu endokrin değişikliklerin klinik önemi bilinmemektedir. Öte yandan, kadınlarda valproat kullanımında, yumurtalıklarda polikistik değişiklikler, yüksek serum testosteron konsantrasyonları (hiperandrojenizm) ve adet düzensizliği şeklinde hormon bozuklukları sık görülür. Yeni epilepsi ilaçlarının hormonlar üzerine etkileri çokça incelenmemiştir. Ancak, eski epilepsi ilaçlarıyla tedavi sırasında üreme ve hormon problemleri ortaya çıkarsa bir alternatif olabilirler gibi görünüyor. Öte yandan, çoğu durumda epilepsi ilaçlarının üreme ve endokrin üzerine olumsuz etkileri ilaç bırakıldığında düzelebilir gibi gözükmektedir.