Uluslararası Baş Ağrısı Derneği, baş ağrılarını primer ve sekonder ana başlıkları altında 13 alt gruba ayırır. Bu grupların içeriğinde baş ağrısına neden olan 69 farklı sebep veya hastalıktan bahsedilir. Bunlar, beyin kanaması, beyin tümörü gibi çok ciddi ve cerrahi gerektirecek sebepler olabileceği gibi, hipoglisemi dediğimiz kan şekerinin düşmesi yada göz bozukluğu gibi çok daha rahat tedavi edilebilecek hastalıklar olabilir. Baş ağrısı tedavisinde en önemli basamak altta yatan nedenin bulunmasıdır. Cerrahi gerektirecek ciddi nedenler hariç geri kalan hemen hemen tüm diğer sebepli baş ağrılarında akupunktur tamamlayıcı' yada alternatif' olarak kullanılmaktadır. Bu hastalıklardan;
Migren
Gerilim tipi baş ağrıları
Küme tarzı baş ağrıları
Yapısal bozuklukla ilişkili olmayan baş ağrıları
Kafa travması ve damarsal hastalıklarla ilişkili baş ağrıları
Madde kullanımına bağlı baş ağrıları
Boyun fıtığına bağlı baş ağrıları
Sinüzit kaynaklı baş ağrıları
Trigeminal nevralji gibi sinir kökenli baş ağrıları
Çene eklemi bozukluğuna bağlı baş ağrıları
Yapısal bozukluklarla ilişkisi olmayan baş ağrılarında akupunktur tedavisi çok başarılı sonuçlar vermektedir.
Akupunktur tedavisine başlamadan önce baş ağrılarının geleneksel Çin Tıbbı'na göre de bir sınıflaması yapılır ve tedavi edilecek noktalar meridyenleriyle beraber belirlenir. Eğer ağrılar hemen hergün ise, başlangıçta seanslar da hergün uygulanır. Ortalama 10 seans bu şekilde uygulandıktan sonra 1 hafta ara verilir. Sonrasında duruma göre haftada 1 veya 2 seans olarak devam edilir. Ardından seans araları açılır. Özellikle migren türü kronik ve uzun geçmişi olan ağrılarda tedavi süresi 3-6 aya kadar uzayabilir. Ağrı tedavisinde genellikle vücut akupunkturu kullanılır. Gerekirse kulak akupunkturu eklenir.