Kesin bir tedavisi yoktur. Hastalığın tedavisi hastanın yaşı ve şikayetleri göz önüne alınarak planlanır. İlaç tedavileri ve cerrahi seçenekleri vardır.
Hastalık östrojen hormonuna bağımlı ilerleme gösterdiği için ilaçla tedavide amaç östrojeni düşürmek ve böylece hastalık odaklarını küçültüp yok etmektir. Bunun için yalancı gebelik(doğum kontrol hapları,progestinler ile ) veya yalancı menapoz (Danazol,GnRH analogları) oluşturulmaktadır.
Çocuk istemi olmayan ağrılı adet yada ilişkide ağrı şikayeti olan hastalarda doğum kontrol hapları ilk seçenek olarak uygun görülmektedir.
Diğer bir ilaç Danazol bir çeşit testesteron türevidir.(erkeklik hormonu)Estrojeni düşürüp vücuttaki erkeklik hormonunu arttırır.Tedavi edici dozlarda ,klinik yararlılığını sınırlayan yanetkilere neden olmaktadır.(kilo artışı,sıvı tutulumu,memelerde küçülme,sivılce,ciltte yağlanma,kıllanma…)
İlaç tedavilerinin endometrıozis şiddeti üzerine ve ağrıların geriletilmesi üzerine olan etkileri benzerdir.Endometrıomaların(çikolata kisti) boyutlarını küçültebilsede yok edecek bir ilaç tedavisi yoktur.
Endometrıozis tedavisi için kullanılan ilaçların hepsi yumurtlamayı baskıladığı için tedavi boyunca fertilite engellenir.
Şiddetli endometrıozis olgularında cerrahi tercih edilir.Anatominin yeniden düzeltilmesi ,yapışıklıkların açılması,ağrıların giderilmesi ve gebelik oluşum oranlarının arttırılması cerrahi tedavi ile mümkündür.Kısırlık nedeniyle yapılan laparaskopi sonrası 6 ay içinde gebelik elde edilememişse yardımcı üreme teknikleri denenebilir.
Endometrıomalarda cerrahi tedavi edilir. En etkili yöntem kistin bütün duvarının çıkartıldığı kistektomidir. Kistektomıden sonra bile tekrarlama oranı %7 dir.Ameliyat sonrası kendiliğinden gebe kalma oranları %50 leri bulabilmektedir.Endometrıoma ameliyatını takiben 1 yıl içinde gebe kalamayan kadınlarda tüp bebek en uygun tedavi yöntemidir.
Çocuk istemi olmayan 40 yaş üstü kadınlarda özelliklede ağır ve tekrarlayan hastalık durumunda rahim ve yumurtalıkların alınmasıda bir tedavi seçeneğidir.