Alerjik hastalıklarda en önemli nokta, alerjen ile karşılaşmaktan kaçınmaktır. Alerjik Rinit’in tedavisi şikayetlerin giderilmesine yöneliktir, hastalık bu tedaviyle ortadan kaldırılamaz. Alerjik rinit’in tedavisinde antihistaminik ve lökotrien antagonistleri denilen ve alerjenle karşılaşıldığında olaya neden olan madde salınımını engelleyen ilaçlar, burnun iç yüzeyindeki şişliği azaltan ilaçlar ve kortizon içeren burun spreyleri kullanılabilir. Bu ilaçların etkili olmadığı durumlarda ağızdan veya parenteral kortizon ilaçları verilebilir. Ancak tüm bu ilaçlar mutlaka doktor tarafından hastalığın şiddeti ve hastanın durumu değerlendirilerek düzenlenmelidir.
Alerji tedavisinde kalıcı veya uzun süreli tedavi sağlayabilecek ilaçlar alerji aşılarıdır. Alerjen immünoterapi kişide alerjiye yol açan maddelerin düşük konsantrasyonda vücuda verilmesi sonucunda kişinin alerjene duyarsızlaştırılmasıdır(desensitizasyon). Alerji aşılarının vücuttaki etkisi alerjik reaksiyona yol açan antikorların(IgE) üretiminde azalma, alerjen temasının ardından mast hücreleri tarafından serbest bırakılan kimyasal maddelerin (histamin, lökotrienler) üretiminde azalmadır.Alerji aşıları enjeksiyon yolu ile cilt altı veya dil altı oral çözelti(sublingual immünoterapi) olarak uygulanır. Alerjen immünoterapisinden beklenen sonuç alerjinin nedeninin tedavi ve hastanın ilaca olan bağımlılığının azaltılması veya tamamen kaldırılmasıdır. Uygulama şekli ne olursa olsun alerjen immünoterapisi tedaviye başlandıktan sadece birkaç ay sonra alerji semptomlarının azalmasını sağlar. Alerjen immünoterapisinin süresi 3 ila 5 yıldır. Bu sürenin ardından hastalar birkaç yıl boyunca septomların remisyonundan yararlanır; bu immünoterapinin uzun süreli kalıcı etkisidir. Bu özellik antialerjik ilaçlara kıyasla alerjen immünoterapisinin en önemli avantajıdır.