Sahip olduğumuz hücreler kendi içlerinde özel bir iletişim yolu ile anlaşmakta ve yaşamını sürdürmektedir. Vücuda alınan yararlı gıdalar ve zararlı gıdalar da aynı şekilde hücreler tarafından tanınarak; eğer yarar verecekse dost ,zarar verecekse düşman olarak algılanır. Düşman olarak algılanan gruba saldırıya geçerek kendi bütünlüğünü korur. Ancak bazı kişilerde bu durum farklı işleyebilir. Genetik, çevresel, mikrobik ve diyetetik faktörlerin etkisiyle normalde reaksiyon oluşturulmayacak durumlarda hücreler düşman olarak algılar ve saldırıya geçer. Bağışıklık sistemi bu hücrelere karşı antikorlar oluşturur.

Bu durumda biz otoimmun hastalıklardan bahsederiz. Bu hastalıklarda hedef organa göre hastalık adı değişir. Çölyak hastalığı, iltihabı bağırsak hastalığı, otoimmun karaciğer hastalığı, primer biliyer siroz, otoimmun pankreatit, otoimmun gastrit, sindirim sisteminde görülen otoimmun hastalıklara örnektir. Bunun dışında Tip 1 diyabet, hashımato tiroiditi, romatoid artrit, sistemik lupus, psöriazis gibi birçok organ ve sistemi tutan otoimmun hastalık mevcuttur. Maalesef ki otoimmun hastalıklardan biri görüldüğünde diğerlerinin de görülme sıklığı o birey için artış göstermektedir.