Otizmde yaşanan mide bağırsak sistemi problemleri kabızlık, ishal, kötü kokulu kaka, kakada öğütülmemiş gıda görülmesi, gaz şikayetleri, karın ağrısı ve reflüdür. Otistik çocukların bir kısmı konuşamadığı için karın ağrısı ve reflü şikayetlerini anlatmakta da zorlanırlar. Bu şikayetlerin yoğunluğu ile otizm şiddet ölçek skorları arasında doğru orantı olduğu görülmüştür. Mide bağırsak sistemi problemleri sık yaşayan otizmli çocuklarda besin alerjisi ve uyku problemleri de daha sık görülmektedir. Otizmde yaşanılan gastrointestinal problemler bağırsak florasının bozuk olmasına ve bağırsağın ritmik çalışma düzeninin bozulmasına bağlıdır.
Otizmli çocuklarımızda bu şikayetlerin hepsi diğer çocuklara göre daha yüksek ölçüde görülür. Ancak diğer çocuklara göre en çok farklılık gösteren kabızlıktır. Kabızlık otizmde acil servise en sık başvuru nedenlerinden de biridir. Kabızlığı uzun süren ve tedavi edilemeyen çocuklarda kaka kaçırma durumu görülür.
Kabız olan bir çocukta detoksifikasyon yani toksinlerin atılma süreci uzar ve zorlaşır, kabızlık ve ishal durumlarında vitamin ve mineral emilimi yetersiz olur. Vitamin ve mineral emilimini yeterli düzeye taşımak, geçirgen bağırsağı tedavi etmek otizmde tedavinin en önemli adımalrından biridir.
Tıbbi olarak tedavi edilebilecek bir durum tedavi edilemezse problem davranış gelişebilir. Çocuklar kakaları ile oynayıp evin farklı yerlerine kakalarını yapabilirler.
Otizmde bağırsak peristaltizmin düzeltilmesi, bağırsak florasının düzeltilmesi yaşanılan mide bağırsak şikayetlerini azalttığı gibi otizmde yaşanılan nöropsikiyatrik şikayetlerin de azalmasını sağlamaktadır.