Makatta apse oluşmuş ise mutlaka cerrahi olarak boşaltılması gerekir. Antibiyotik tedavisi ile apse düzelmez hatta zaman kaybına ve apsenin ilerlemesine yol açar, çünkü antibiyotikler vücutta kanla taşınır ve cerahatin/apsenin içine giremez.
Her makat apsesi fistül ile sonuçlanmaz. Fistül ancak apselerin %50 sinde gelişir ve maalesef hangi apselerde gelişeceğini önceden bilmenin bir yolu yoktur. Apse cerrahi olarak boşaltıldıktan sonra antibiyotik kullanarak fistül gelişme riskinin azaltılabileceği düşünülmüşse de yapılan çalışmalarda bunun bir yararı olmadığı görülmüştür. Anal fistül genelde apse boşaltıldıktan 4-6 hafta sonra ortaya çıkar, ancak bu süre ayları hatta yılları bulabilmektedir.
