Tüp bebek tedavisinde ilk aşama anne adayının tedaviye iyi şekilde hazırlanmasıdır. Ardından yumurtlama tedavisi ile kaliteli yumurtaların elde edilmesi gelir. Bu aşama çok hassastır. Çünki her vaka kendine özeldir. Aynı yaş, ayni kilo ve benzer özellikteki her bir kadının yumurtalık kapasitesi ve ihtiyaç duyduğu yumurtlama tedavisi birbirinden çok farklıdır. Bu nokta başarıya giden yolda çok önemli bir aşamadır. Yumurta toplama işlemi ile yumurtalar alınıp laboratura teslim edilir. Yumurtalar özel sıvılar içerisinde ve anne vücudunu taklit eden inkübatörler içerisinde hazırlanır. Bu esnada baba adayından da yine vakanın özelliğine göre sperm alınır. Normal ejekülat olarak meni ile, sperm olmayan vakalarda testisten biyopsi ile ya da aspirasyon yöntemi ile elde edilen spermler dölleme işlemi öncesi hazırlık evrelerinden geçirilir. Günümüzde mikroenjeksiyon yani ICSI işlemi ile dölleme yapılmaktadır. Her bir olgun yumurta içerisine seçilen tek bir spermin enjeksiyonu demektir. Bu aşamada sperm seçimi hayati önem taşır. Genetik altyapı ve kalitesi iyi olan sperm seçilerek yüksek döllenme, iyi kalitede embriyo ve yüksek gebelik oranları elde edilir. Spermler binlerce kat büyütülüp daha detaylı bir seçim yapılabilmektedir. Döllenmenin kontrolü önemli bir aşamadır. Döllenme paterninin değerlendirilmesine göre izlenecek yol belirlenir ve embriyo gelişimi hakkında bilgi edinilir. Embriyolar inkübatör içerisinde takip edilerek gelişimleri kontrol edilir ve anne rahmine yerleştirme yani transfere hazırlanır.
Her bir aşamada ihtiyaç olan birçok farklı sıvı farklı miktarlarda kullanılır. Kullanılan özel kaplar değiştirilir. Birçok özel işlem arka arkada bir düzen içerisinde hassas şekilde yapılır. Döllenme ve embriyo gelişimi özel zaman aralıklarında ve özel şartlarda yapılır. Laboratuarda çalışma esnasında havadaki kirlilik oranı, partikül oranı, oksijen durumu, nemi, ışığı, ısısı gibi birçok değişken en ideal koşullarda sabitlenir. Aynı şekilde laboratuarda çalışan ekibinde en hassas ve özel şekilde, deneyimle, hızla fakat dikkatli ve organize çalışması gerekir. Bu aşamaların aksamadan düzen içerisinde devamı önemlidir.
Aynı işlemler farklı kalitede birçok teknik alet, edevat, mikroskop ve ekipmanla yapılabilir. Fakat, kulanaılan ekipmanın kalitesi sonuç üzerinde önemli etkiye sahiptir. En küçük detay bile çok önemlidir. Örneğin mikroenjeksiyon yaparken kullanılan iğne ve yumurta tutucunun kalitesi, hassasiyeti, açısı, inceliği, kalınlığı, önceden özel kalite testlerine tabi tutulup tutulmadığı bile hayati önemli olabilmektedir. Yani aynı kalitedeki yumurta ve sperm ile farklı ortam, farklı ekipman ve farklı uygulayıcı ile son derece farklı sonuçlar alınabilir.
Tüp bebekte kaliteli laboratuar vazgeçilmez önemlidir. Bu kalitenin her hasta için, her uygulamada, her şart ve durumda en üst düzey olmasının sağlanması gereklidir. Bu da ciddi bilimsel ve maddi yatırımla olabilmektedir. Laboratuarın havasını temizleyen sistem, özel ışık ve ısı düzeneği, laboratuar duvarlarının özel boyası ve sterilizasyonu, işlemlerin yapıldığı özel bölmelerin malzemesi ve kalitesi, mikroenjeksiyon yapılan özel mikroskop sisteminin hassasiyeti ve kalitesi, anne rahmini taklit eden bir nevi kuluçka makinesi olan inkübatörlerin kalitesi, sayısı, işleyiş mekanizması, kontrol edilme aralıkları, çalışma esasları, kullanılan sıvıların çeşitleri, tazeliği, miktarı, kullanılan en küçük pipetten kaba kadar Eş zamanlı olarak yeni gelişen teknik ve ekipmanın laboratuara ustaca adapte edilmesi gerekir. Ekibin sürekli eğitim alması gerekir. Sonuçların en iyi şekilde değerlendirilerek her hasta için en iyi yöntemin saptanması gerekir. Yapılacak bilimsel proje ve araştırmalar ile yeni gelişmelerin sağlanması ve başarının artırılması çok önemlidir.
Yapılan işlemler ile ilgili kayıt sistemi çok önemlidir. Bu bilgilerin saklanması ve kişisel bilgilerin hiçbir şekilde başka şahıslara aktarılmaması da hassas bir konudur. Yapılan tüm işlemlerde hiçbir karışıklığa yol açmayacak şekilde barkot sistemi kullanılmalıdır, isim, eş ismi, soy isim gibi detaylar defalarca birçok kişi tarafından kontrol edilmelidir.
Tüm bu sistemin aynı şekilde, yüksek kalite ve standartta verilmesi için ciddi emek harcanması gerekir. Tüm bu organizasyonun mükemmel işlemesi ancak tüp bebek laboratuarında kalite kontrolü ile sağlanabilir. .