Botox tedavisi "kronik migren" de güncel ve etkin bir tedavi yöntemi olarak baş ağrısı şiddeti ve sıklığını azaltmaktadır. Ayda 15 günden fazla migren başağrısı çekildiğinde bu kronik migren olarak tanımlanır. Botox tedavisi kronik migren dışındaki baş ağrılarında kullanılmaz. Bu yöntem sinir ucundan salınan, ağrıda rol oynayan kimyasalların miktarını azaltarak etkili olmaktadır.
BOTOX tedavisi enjeksiyon şeklinde uygulanır ve ilk haftanın sonunda etkisini gösterir, maksimum etkisi 6. haftada görülür. Enjeksiyonlar 12 hafta ara ile tekrarlanabilir. BOTOX tedavisinin, hastaların %47'sinde başağrılarını en az %50 azalttığı gösterilmiştir. Diğer bir ifade ile BOTOX tedavisi, gelmesi muhtemel ayda ortalama 8-9 migren başağrısını engeller.