Erkek çocuklarda penis boyu mutlaka tecrübeli bir uzman tarafından, penis gerdirilmek sureti ile ve penis üzerinden ölçülmelidir. Ölçüm sonucu yaşa göre normal değerler ile karşılaştırılmalı ve buna göre yorumlanmalıdır. Aksi takdirde, yanlış yapılan ölçümlere bağlı yaklaşım hataları ortaya çıkabilmektedir.
Direkt bakış ile, penis küçük ya da kısa görünmesine karşın, gergin olarak yapılan boy ölçümü normalse, bu aslında küçük bir penisten ziyade, özellikle sünnet sonrasında ve muhtemelen kiloya bağlı olarak, penisin deri içerisine çekilerek gömülmüş olmasına bağlı bir durumdur (Gömük Penis).
Sünnet öncesinde yapılan muayenede; penisin sünnet sonrası gömülü kalabileceği anlaşılırsa, sünnet sırasında biraz daha büyük bir girişim yapmak sureti ile penisi görünür halde tutmak mümkün olacaktır.
Sünnet sonrasında peniste gömüklük gelişirse ve bu durum psikolojik olumsuzluklara ya da penis hijyeni ile ilgili sorunlara yol açıyorsa yapılması gereken tekrar sünnet benzeri bir müdahale ile pipideki gömüklüğün düzeltilmesidir.
Yapılan ölçümlerde, penis boyu yaşa göre olması gereken normal değerlerden kısa ise bu durum mikro-penis olarak adlandırılır. Bu çoğu kez yapısal bir durumdur fakat bazı hastalarda önemli hormonal yetmezlik patolojilerinin de bir bulgusu olabileceği için detaylı bir hormonal değerlendirilme yapılması tavsiye edilir.
Penis boyu, yaşa göre olması gereken normal değerlerden daha büyük de olabilir. Bu da çoğunlukla yapısal bir durumdur ancak altta yatan ve fazla hormon yapımı ile birlikte seyreden bazı hastalıkların ya da puberte prekoks denilen erken ergenliğin önemli bir bulgusu da olabileceği için yine detaylı hormonal incelemelerin yapılması önerilir.