Embryolar iki hücreli aşamadan çok hücreli blastokist aşamasına kadar herhangi bir dönemde transfer edilebilmekle beraber, en sık tercih edilen transfer zamanı 4-8 hücreli aşamadır. Embryolar bu aşamaya genellikle 2 ya da üçüncü günde ulaşmaktadırlar. Embryo transferi iki-altıncı günler arasında yapılabilir.
İkiden fazla sayıda embryo transfer edildiğinde çoğul gebelik oranları oldukça yükselmektedir; ancak bu risk artan kadın yaşı ile birlikte azalmaktadır.
Çoğul gebeliklerin komplikasyon oranlarının yüksek olması ve erken doğum gibi nedenler ile maliyetin artması nedeni ile pek çok ülkede transfer edilen embriyo sayışının kanun ve yönetmeliklerle kısıtlanması yoluna gidilmektedir. Günümüzde 35 yaşından genç her hastada ilk 2 denemede sadece bir tane embriyo transferi yapılabilir. 35 yaş üstündeki hastalarda deneme sayısına bakılmadan en fazla 2 embriyo transferine müsaade edilmektedir.
Embriyo transferi yapılırken hasta jinekolojik muayene pozisyonunda yatırılır. Vajinaya spekulum takıldıktan sonra steril serum fizyolojik ile temizlik yapılır. Ardından özel kültür sıvıları ile rahim ağzı temizlenir. Embriyolog transfer edilecek embriyoları katater içinde laboratuardan getirir, işlemi yapacak olan hekim karından yapılan ultrason eşliğinde embriyoları rahim içine bırakır. Bu esnada hastanın uyumlu olması ve ani hareketlerde bulunmaması önemlidir. Dolayısıyla kendini mümkün olduğunca rahat bırakması gerekir.
Embriyo transferi işlemi ağrılı bir işlem değildir ve anestezi gerektirmez.
İşlem sonrası endometriumu desteklemek ve bu sayede tranfer edilen embriyoların rahim içerisine tutunma şansını arttırmak için hastaya enjeksiyon, fitil ya da krem şeklinde hormon ilaçları verilir. Bu ilaçların düzgün kullanılması çok önem arz eder. Luteal faz desteği adı verilen bu tedavi eğer gebelik oluşursa genellikle 10. haftaya kadar devam eder. Gebelik oluşmayıp adet kanamasının olduğu veya gebelik testinin negatif çıktığı durumlarda ise tedavi kesilir.
Embryo transferi sonrası 12. günde hasta gebelik testi için çağırılır.
Embriyo transferi sonrası ilk 3 günü daha yoğun olmak üzere gebelik testine kadar geçen sürede hafif istirahat önerilir. Hastanın tamamen yatağa bağımlı kalacak şekilde yatarak istirahat etmesi, bacaklarını havada tutması gibi yöntemler gebelik başarı şansını arttırmaz. Aktif spor yapmaması gerekir. Cinsel ilişki de önerilmez. Hasta gündelik işlerini yapabilir, çok ağır fiziki koşullar istisna olmak üzere çalışabilir, banyo yapabilir.
