Fötal ekokardiyografi ile anne karnındaki bebeğin kalbinde oluşan doğuştan kalp hastalıklarının çoğuna tanı konulabilmektedir. Bu incelemenin zor ve kompleks olması nedeni ile ekokardiyografiyi uygulayacak uzmanın deneyimli olmasını gerektirmektedir. Bunun için en iyi görüntüleme 22-24. haftalarda yapılabilmekte, bazı ağır kalp hastalıklarında tanı 16-18. haftadan sonra da konulabilmektedir.
Annede doğuştan kalp hastalığı bulunması, annede diyabet, fenilketonüri ve birtakım bağdokusu hastalıklarının bulunması, annenin infeksiyonlara maruz kalması ve/veya yapılan rutin ultrasonografik tetkiklerde fetusta kalp dışı problemlerin bulunması, fetusta kromozom anomalisi saptanması, fetus kalbinde ritm sorunları fetal ekokardiyografi yapılmasını gerektirmektedir.